| エコミュージアム関連団体 | 所在地 |
| いわてデジタル・エコミュージアム | 岩手県 |
| 朝日町エコミュージアム協会 | 山形県朝日町 |
| 志木まるごと博物館 河童のつづら | 埼玉県志木市 |
| 滑川町エコミュージアムセンター | 埼玉県滑川町 |
| 富浦エコミューゼ | 千葉県富浦町 |
| 環境文化のための対話研究所 | 東京都清瀬市 |
| 多摩川エコミュージアム | 神奈川県川崎市 |
| 三浦半島エコミュージアム | 神奈川県 |
| 宮川流域エコミュージアム | 三重県宮川流域 |
| 琵琶湖博物館 | 滋賀県草津市 |
| 京のアジェンダ21フォーラム | 京都府京都市 |
| 平野町ぐるみ博物館 | 大阪府平野区 |
| 兵庫県立コウノトリの郷公園 | 兵庫県豊岡市 |
| 北はりま田園空間博物館 | 兵庫県北はりま地域 |
| 熊野フィールドミュージアム | 三重県熊野地域 |
| 瑞穂ハンザケ自然館 | 島根県瑞穂町 |
| エコミュージアム川根 | 広島県高宮町 |
| あさんライブミュージアム | 徳島県板野町・上板町・土成町 |
| 美郷ほたる館 | 徳島県美郷村 |
| 阿蘇たにびと博物館 | 熊本県白水村 |
| 屋久島オープンフィールド博物館 | 鹿児島県屋久島 |
| みのお山自然の会 | 大阪府箕面市 |
| 田園空間整備事業 | 農林水産省 |